If you want to run concrete5 in a subdirectory, you can create a new folder like "new-site" and unzip your concrete5 files in there.
もしサブディレクトリーでconcrete5を動作させたい場合は、"new-site"などのフォルダーを作成し、その中でconcrete5のファイルを解凍してください。
ということですね。サブディレクトリーに展開するとサブディレクトリーで動作します。インストールディレクトリーをいじるのはWordPressだとよく見かける手法ですが、concrete5ではやらないほうが良いです。
tomoac
Re: サーバー上のC5フォルダの位置
どうされたいのかわからないので的確に回答出来ませんが、書かれていることに素直に回答します。
Concrete5に限らずですが、一般にCMSのパッケージはバラバラにはできません。解凍した状態でそのままの構造で利用します。
なので、indexはふさわしい位置に解凍され、そのindexを動かすことはできません。なので解説もありません。