パーミッションの問題はないでしょうか？
http://help.sakura.ad.jp/app/answers/detail/a_id/2104

パミッションは問題ありませんでした。

エラーログを確認し、エラーの原因を提示してください。
http://help.sakura.ad.jp/app/answers/detail/a_id/2259

[Thu Feb 26 07:34:56 2015] [error] [client 93.115.84.202] Premature end of script headers: index.php, referer:http://kikuya4193.com/customer/account/login
[Thu Feb 26 08:08:22 2015] [error] [client 49.104.35.192] Premature end of script headers: index.php, referer:http://kikuya4193.com/
[Thu Feb 26 08:15:23 2015] [error] [client 54.175.196.96] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:11:41 2015] [error] [client 60.40.77.94] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:13 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:24 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:35 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php

ぐぐったら色々出てきました

http://ueblog.natural-wave.com/2010/10/14/premature-end-of-script-on-sakura/
http://www.omnioo.com/record/php/premature-end-of-script-headers/
http://ja.forums.wordpress.org/topic/13106?replies=3
http://web.showjin.me/sakura-internet_php-permission.html
http://blog.livedoor.jp/spyder_5615/archives/25479114.html
http://www.takahashiryusuke.com/2013/12/%E3%81%95%E3%81%8F%E3%82%89%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%81%A7500%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%8C%E9%A0%BB%E7%99%...
http://jizaicafe.com/archives/1613/

ググっていただいたサイトや自分で検索してみたサイトを参考にしているとほとんどがパミッションもしくは.htaccessの件でしたが、755や705にしても表示は変わりませんし、.htaccessの中身も間違いないと思われます。
他に対処法がありましたら、よろしくお願いいたします。
他のサイトではこのようなことが一切ありませんでしたが、今回はじめてです。

さくらインターネットに問い合わせされるのがよろしいかと思います

さくらインターネットに問い合わせまさいたが、解決しませんでした。
ありがとうございました。