症状が起きた作業状況ですが、
既存ページで作成した【Manual Nav】のブロックをクリップボードにコピーをし、スタックにブロック追加でクリップボードから貼付を行った際に砂時計が出て、その状態が長く続いたためリロードしたら「Internal Server Error」になってしまいました。
大変困っております。できるだけ早急にご教授いただけたらと願います。

パーミッションの問題はないでしょうか？
http://help.sakura.ad.jp/app/answers/detail/a_id/2104

パミッションは問題ありませんでした。

エラーログを確認し、エラーの原因を提示してください。
http://help.sakura.ad.jp/app/answers/detail/a_id/2259

[Thu Feb 26 07:34:56 2015] [error] [client 93.115.84.202] Premature end of script headers: index.php, referer:http://kikuya4193.com/customer/account/login
[Thu Feb 26 08:08:22 2015] [error] [client 49.104.35.192] Premature end of script headers: index.php, referer:http://kikuya4193.com/
[Thu Feb 26 08:15:23 2015] [error] [client 54.175.196.96] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:11:41 2015] [error] [client 60.40.77.94] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:13 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:24 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php
[Thu Feb 26 09:28:35 2015] [error] [client 60.126.188.57] Premature end of script headers: index.php

ぐぐったら色々出てきました

http://ueblog.natural-wave.com/2010/10/14/premature-end-of-script-on-sakura/
http://www.omnioo.com/record/php/premature-end-of-script-headers/
http://ja.forums.wordpress.org/topic/13106?replies=3
http://web.showjin.me/sakura-internet_php-permission.html
http://blog.livedoor.jp/spyder_5615/archives/25479114.html
http://www.takahashiryusuke.com/2013/12/%E3%81%95%E3%81%8F%E3%82%89%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E3%81%A7500%E3%82%A8%E3%83%A9%E3%83%BC%E3%81%8C%E9%A0%BB%E7%99%...
http://jizaicafe.com/archives/1613/

ググっていただいたサイトや自分で検索してみたサイトを参考にしているとほとんどがパミッションもしくは.htaccessの件でしたが、755や705にしても表示は変わりませんし、.htaccessの中身も間違いないと思われます。
他に対処法がありましたら、よろしくお願いいたします。
他のサイトではこのようなことが一切ありませんでしたが、今回はじめてです。

さくらインターネットに問い合わせされるのがよろしいかと思います

さくらインターネットに問い合わせまさいたが、解決しませんでした。
ありがとうございました。

C5を再インストールすると正常にログインされ、回覧もできましたが、データベースをインポートしたら再び同じエラーが出ました。

うーん。そうなると、

MySQL のデータベースがちょっと壊れちゃったかもしれませんね。

myphpadmin から、concrete5 のテーブルを Repair や Optimize を試していただけませんか？

ご教示ありがとうございます。
急ぐ案件とコーディングがトップページの半分程度であったため、再インストールして復旧させました。
もし、次回同様の症状が発生した場合、試してみます。（同様の症状が出ないよう祈りますが・・）