プリティURLを有効にした状態で /index.php を抜いたURLにアクセスした際にページが見えないとなると、オートナビなど他のブロックからのリンクも同様に効いていないのではないかと思います。Xserverは使ったことがないので詳しくありませんが、過去にフォーラムに投稿がありましたので、参考にしてみてください。

http://concrete5-japan.org/community/forums/beginner/post-5792/

ありがとうございます。

とりあえず、管理画面＞プリティURLのチェックを外しました。

ちゃんと動作しているようです。