その後の経過です。
Face BookページのLike Buttonを調べてみたのですが、以前書きだされていたコードと一部違っていました。それと、以前はjsも同じ所に記入していたのですが、header.phpのbody直下に記入し、Like Buttonのみスタックに記入するようにしたら解決しました。今まで表示していたものが突然警告が出たので驚きましたが、なんとか解決しました。
hissyさんありがとうございました。

Facebookもころころ仕様が変わるので付いて行くのが大変ですね。解決してよかったです。