ロケールを一度消して設定し直して見たのですが、結果が変わりませんでした……。

ただ、英語サイトホームページのURLスラッグを'en'から'en_us'に変えると、サイトマップ上で表示します。ただURLスラッグを'en'に戻すとまた表示しなくなります。

ロケールを消してもどこかに設定が残っているのでしょうか……？

素のc5で多言語設定して、英語サイトのスラッグを en にすることで再発したら、なんかコアのバグかもですね…。

返答遅くなりました。
上記、時間を作って、新規インストール後に設定して発生するか確認します。