katzさん、返信ありがとうございます。

mamp上のconcrete5のバージョンを5.4.1.1.1に手動アップグレードしたら、編集できなかったヘッダーナビ部のレイアウトが編集できるようになっていました。
結局のところ原因はわかっていないのですが、しばらく様子をみてみます。