zenddebuggerなどでは、concrete5の全てのソースを取り込んで、PHPや、JavaScriptでもAjaxのデバッグができるのでしょうか。

ZendDebugerはPHPだけです。
AjaxはFireBugも組み合わせてですね

PHPの開発でプロの方の環境はどんな環境なんでしょうか？
定番のような環境はあるのでしょうか？
それとも乱立していて各自好きな物を使っているのでしょうか？

乱立ですね
eclipseって人からvimって人まで様々です。