Express webから回答が届きましたのでご報告します。

「テーマの有効化ができなかった点ですが、これはコントロールパネルソフトウェアにおける、「保護ディレクトリ機能」（※）との兼ね合いにより、テーマ有効化時のURLが正常に処理できていないことが原因でした。

今後、コントロールパネル側がアップデートを行うことで改善する可能性もございますが、取り急ぎ個々のサイトごとに保護ディレクトリ機能をオフにすることで、問題の回避が可能なことを確認済みです。」


との内容でした。連絡が来た後試してみたらちゃんと有効化できました。
Express webのナレッジベースにも、concrete5 のテーマの有効化でエラーが発生するというタイトルで対処法を載せてくれることになりました。

また、テーマのアップデートができないっていう内容については、現在回答待ちです。