そのサーバーは標準がＥＵＣなのでしょうか？
前述の<?php phpinfo(); ?>のmbstring.internal_encodingの項目をチェックし、（表示項目多いので「ctrl+F」で検索してください）
UTF-8になっているかどうか確認してください。EUCのままだとphp.iniの設定が間違っている可能性があります。

mbstring.internal_encodingはUTF-8になっていました。が、katzさんの言うとおり、再度インストールしなおしてみます。ただ、.htaccess自体の文字コードをUTF-8にすると500エラーになってしまうので、UTF-8Nでやってみます。

.htaccess自体の文字コードは関係ないと思います。
mbstring.internal_encodingがUTF-8であれば、支障ないはず・・・。

ただ、文字コードの問題があるということは.htaccessのなかにひらがなや漢字が記述されているということですよね。それを削除すると、文字コードの問題はなくなるはずです。もしアルファベットと数字のみの記述であれば、改行コードの問題の気がします。

>文字コードの問題があるということは.htaccessのなかにひらがなや漢字が記述されているということですよね。

スペースも含めて全角は記述していません。『AddHandler x-httpd-php5 .php』+改行しか記述していません。アルファベットと数字のみなのに確かに腑に落ちませんよね。でも、「.htaccess UTF-8」などでググると同様の記事をいくつか見かけます。
原因は.htaccessで間違いないのですが、なぜかまでは分かりません。もやもやしますけど。

>もしアルファベットと数字のみの記述であれば、改行コードの問題の気がします。

改行コードは私も疑ってみたのですが、変更してみても500エラーは変わりませんでした。

なるほど、バイナリーモードやアスキーモードなどいろいろ弊害があるのですね。
勉強になりました。