私が試してみたテストサイトも上級権限モードを利用しています。

「システムと設定」の中のファイルマネージャー権限は何か変更していますか？

私は上級権限モードを設定するときに、
必ずファイルマネージャー権限も設定しているので、
その差異でしょうかね？

例えば、「ファイルを表示」の権限は
「管理者」「ゲスト」「登録ユーザー」など、全グループが入っています。