Tao Sasaki

ちなみに所有者とグループは？

通常、ファイルマネージャーでアップロードしたファイルはapacheユーザになります。
なので、700や600で表示には問題無いはずです。

親ディレクトリ（ /file ）とかの権限を確認してください。親ディレクトリの権限を777とかにして、子ディレクトリにも適用させれば大丈夫だと思います。