concrete/themes/default/elements/header.phpの記述を以下のように変更しましたが、現象は改善されません。

（修正前）getStyleSheet()
（修正後）getTheme()

修正するファイルが違っているのでしょうか？
インストール直後に表示されるテーマは「concrete/themes/default」フォルダにインストールされたものなんですよね？

アップグレード後は以下のフォルダのテーマが使われていると思います。
/updates/concrete5.4.1.1.1.ja/concrete/themes/default

こちらをフォルダごとダウンロードして /themes にアップロードするとアップロードしたほうが優先して使用されますので、そちらのheader.phpを修正してみてください。

すいません。うろ覚えで書いた記事だったので間違いがありましたので修正します。

<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<?php print $this->getThemePath().'/main.css'; ?>" />
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="<?php print $this->getThemePath().'/typography.css'; ?>" />

こんな感じで書くと大丈夫だと思います。

getThemePath()が正解でした。
その後に，スラッシュを入れてCSSファイル名を書く、ということで読み込みます。

Takezoさん、ありがとうございます。
上記の記述で直りました！

私も、この記事を見つけて改善のきっかけがつかめました。

全てのスタイルでは、無いのですが
使用検討しているスタイルでは無事表現できました。

一応、サーバーは下記の通り。
コアサーバーminiで、

使用環境
concrete5.4.1.1.1.ja

サーバー名 mXX.coreserver.jp
Apache 1.3.37
Perl 5.8.8
PHP 5.2.5
MySQL 5.1.22-rc
Python 2.4.3

php.ini内
cgi.fix_pathinfo = 0
session.use_cookies = On
session.use_trans_sid = Off
session.save_path = /virtual/XXXXX/tmp/
default_charset = UTF-8
mbstring.language = neutral
mbstring.internal_encoding = UTF-8