MySQLやApache にキャッシュを適用されている場合などは、キャッシュが悪さをしている可能性が高いです。
その場合は、ファイルを書き換える直前に httpd や mysql を restart させると変わるかもしれません。
それは試されましたか？
Re: 5.3.3.1 から 5.4.0.5 にアップグレードで失敗（upgrade.php）
2011年1月3日 at 3:02
だいぶ返答が遅くなってしまって申し訳無いのですが、最新版の5.4.1.1.1で試してみてください。
digger
Re: Re: 5.3.3.1 から 5.4.0.5 にアップグレードで失敗（upgrade.php）
今すぐアップグレードをすることはなくなりましたが、機会があれば最新版でトライしてみます。
ありがとうございました。