ありがとうございました。

concrete/tools/jobs/run_single.php で症状がより詳しく確認しでき、「アクセス拒否」のメッセージがなぜでるかがわかりました。

wget "http:// .... run_single?auth=a64bb0ba88fb49a7a8a1953bfb1137a3&jID=10"

cron内で、""（ダブルクオーテーション）を付けてなかったので、authのみ有効で、&job=10が無効になってしまってました。
これによって、「実行ボタン」を押したらうまく実行されるのに、cronに登録するとうまく実行されない原因がわかりました。

サブディレクトリで作れない件は、実は昨日から再現しなくなりました。
ジョブとは関係ない原因だったのでしょうね。お手数かけました。