Re: helperはどこに？

PaginationHelper クラスは、 Concrete5_Helper_Pagination クラスを継承する形になりました。

class PaginationHelper extends Concrete5_Helper_Pagination {
}

concrete/helper/pagination.php

Concrete5_ で始まるクラスは、coreフォルダ内にあります。
Concrete5_Helper_Pagination クラスは concrete/core/helper/pagination.php

こうなっているのは、coreクラスの一部のメソッドのみオーバーライドできるようにするためです。

concrete5.6.0.2日本語版でも、この仕組みを使って日本語対応しています。
TextHelperがそうですね。Concrete5_Helper_Textクラスのurlifyメソッドだけ独自の動きにしています。