私は２回アップデートしていますが、DIRNAME_APP_UPDATED は１つしかありませんでしたね。

以下、私の勝手な推察を独り言

ということは、アップデートした後のupdatesの下は単なるバックアップかと思いましたが、カスタマイズしたファイルはupdatesの下にのこり、その後も参照される。
しかし、２度アップデートすると、それ以前のアップデートにのこったままのカスタマイズファイルは参照されなくなる。その場合、手動でコピーしないといけない。
ということかな？、そんなことはないとおもいますが。。。よくわかりませんね。

カスタマイズされたファイルというのは自分で作成したファイルということですか？

http://concrete5-japan.org/help/install/how_to_upgrade/

の「/concrete/ ディレクトリ以下は改変しちゃダメ」

の項目のみると、/concrete　も　/updates　もどちらもコアのようですので
そこに自分で作成したテーマやブロックなどはおきません。

わかりにくい書き込みですみません。
単なる疑問なので、いいのですが、誤解されたままではまずいので、再度説明します。

私のupdateフォルダには、以下の２つのフォルダがあります。

/update/concrete5.4.1.1.1.ja
/update/concrete5.4.1.1.ja

/config/site.php には、
<?php define("DIRNAME_APP_UPDATED', 'concrete5.4.1.1.1.ja') ?>
の一つしかありません。

前に教えていただいた順番では、

/blocks
/packeges/xxxx/blocks
/upadate/concrete5.4.1.1.1.ja/blocks <=この存在は、site.php で決まる！？

とすれば、
/update/concrete5.4.1.1.1.ja
は、site.php に定義があるので、参照するが、
/update/concrete5.4.1.1.ja
が、site.php に定義がないので、参照されないのかな？、と思ったということです。