うーむ問題なさそうですね…。だいぶ古ければあるいはと思いましたが。今も

> オートナビ上では存在したまま, 且つアクセスが可能

という状態ですか？後ほど本家バグトラッカー探してみます

非常に気持ち悪いのですが, 先ほどアクセスしてみたところ正常に表示されることを確認しました. お騒がせして申し訳ないです.

キャッシュの削除に1・2時間以上のタイムラグが存在することが, サーバの構成によってあり得たりするのでしょうか…?

APCなど中間キャッシュの設定によっては、あり得るかと思います

あー、でもテーマの変更が該当ページにだけ適応されなかったことから, キャッシュは関係ないかもしれませんね. うーん.
一応補足としては, その時に該当ページの親の下にページを作成してもオートナビには出て来ませんでした.

とりあえず今は問題ないので質問を終わらせて頂きます.
対応してくださり, ありがとうございました.