同じ名前で、グローバルエリアと通常のエリアがサイト内にありませんか？あるいは、グローバルエリアの名前を変えてみてください。

同じ名前のエリアはありませんでした。
一旦グローバルエリアの名前を変えてみましたので、これでしばらく様子見します。

ありがとうございました。

昨日、仰るように設定を変えてみて上手くいったように思ったのですが、
やはり現象は解消されていないみたいで、メニューから他のページへ移動すると
ナビゲーションメニューに設定しているハズの階層より一つ上位の階層ページ（ここでは、日英言語階層を分岐している「English / 日本語」）が表示されることが数回に１度あります。

そうなると見たことがない現象ではあります。
カスタムテンプレートを適用していたら、それが原因かもしれません…

本家バグトラッカーを見てましたが、このバグフィクスが関係あるかもしれません
http://github.com/concrete5/concrete5/pull/1229

関係あるかないか分かりませんが、、、カスタムテンプレートというか、Formigoのalphaという有料テーマを使用しています。

テーマと言うより、オートナビのテンプレートをいじってたらそこに問題があるかもしれません。

ありがとうございます。このテーマのカスタムテンプレートを調べてみます。