この現象が起きているページで、
JavaScriptのエラーが起きていると思われます。

すべてのJavaScriptを一旦外せるのであれば、外して
エラーとなっている原因を探すとよいかもしれません。

または、編集画面が出ていたバージョンに戻すとか？

ccm-page-controls-wrapper　は、JavaScirptによって埋め込む
実装になっています。

追記
bodyタグは、存在しますか？
2個以上のbodyタグがあったりしませんか？

ありがとうございます。
bodyタグは、通常通り1つのみ存在していました。
HPがほぼ完成した状態になった状態だったので、古いバージョンは削除したばかりでしたので、
バージョンを戻すことはできませんでした。
ページ内容を修正して調べたいのですが、編集ボタンが出ない状態なので、
編集できない状態です。
今の状態で編集する方法はあるのでしょうか。

追記
エラーが出ていたようですが、対処がわかりませんでした。
Uncaught TypeError: Cannot call method 'setDefaults' of undefined
(anonymous function)
c.extend.ready jquery.js:26
L jquery.js:33

http://usagi-project.org/redmine/issues/275
こちらのバグと同じような状況だと思われます。
スライドショーを使用しているトップページでは、スライドショーも表示されていません。
ただ、スライドショーの無いHPでもトップページがおかしくなります。
管理者ログイン時のトップページのヘッダを添付します。

メディアトラック
アパッチバージョン 2.2.19
PHPバージョン 5.3.8
MySQLバージョン 5.1.56-log
concrete5 5.4.1.1.1

514designことコイシです。

jQueryを独自にテンプレートなどに追加したりされませんでしたか？
もし追加されているようでしたら外してみてください。

他にちょっと気になるところがあるとすればPHPのバージョンですかね。
php5.3.8のように新しいと不具合でるかもですね。

ちょっとメディアトラックのエンジニアさんに確認してみます。

自分では複雑なことをしていませんでしたが、相互リンクのコードで
<script language="javascript" type="text/JavaScript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.4/jquery.min.js"></script>
を埋め込まれているのを発見し、とりあえずコメントアウトしたらメニューやスライドショーも動作するようになりました。

編集メニューが出ていない状態だったので、SQL Buddyというアドオンをインストールし、
該当箇所のブロックが
<div id="HTMLBlock439" class="HTMLBlock">
であったので、データベース上で
btContentLocal　→　bID439
を直接編集して修正いたしました。

競合したjqueryでの不具合ということでひとまず解決いたしました。
ありがとうございました。