はやみ

Re: 5.7でアンカーにtransition

aタグにそのまま指定してしまうとconcrete5のシステムに含まれるaタグにもスタイルが効いてしまうのが原因かと思われます。

concrete5ではbodyに.ccm-pageというクラスがつきますので、
.ccm-page a {
-moz-transition: 0.3s;
-o-transition: 0.3s;
-webkit-transition: 0.3s;
transition: 0.3s;
}
としてみると回避出来るかもしれません。

参考ページ：http://concrete5-japan.org/help/5-7/developer/designing-for-concrete5/building-a-concrete5-theme/common-pitfalls/