了解です。

1つ気になったのが、ファイルが保存されていた場所です。

(◆◆◆/updates/concrete5.6.3.1.ja_updater/concrete/blocks/sortable_fancybox_gallery/controller.php)


と、なぜか、/updates/*****/concrete/という表示になっていますが、
パッケージはどのようにインストールされたのでしょうか。

おそらく、手動でインストールされた時い、アップロード場所を間違われているのかなとも予想されます。

■ 1. インストールの手段
マーケットプレイスからサイトを接続させて、直接インストールしたのか、
手動でインストールされたのでしょうか。

■ 2. 手動インストールの場合
http://concrete5-japan.org/help/editing/install_theme_and_blocks/
のようにインストールをされたでしょうか。

もしも、packages 配下にインストールされておらず
/concrete/blocks/ の配下にインストールされていたのであれば、
不具合が起こっている可能性がありますね。

よろしくお願いいたします。