5.4.0.5でも問題は出ました・・・ってArea Splitter の影響だったら、5.4.0.5でも問題出ますね。

木下です。

対策が投稿されていました。
http://www.concrete5.org/community/forums/installation/error-upgrading-to-5-4/

ただし、linuxサーバー上ではテーブル名の大文字小文字が関係するので
記述されているSQLのままではうまくいきません。

ALTER TABLE `CollectionVersionBlockStyles`
DROP PRIMARY KEY,
ADD PRIMARY KEY(
`cID`,
`cvID`,
`bID`,
`arHandle`);

ALTER TABLE `CollectionVersionBlockStyles` DROP PRIMARY KEY ,
ADD PRIMARY KEY ( `cID` , `cvID` , `bID` , `arHandle` ) ;

ALTER TABLE `PagePaths` ADD KEY `cPath` (`cPath`(128));
ALTER TABLE `CollectionVersions` ADD KEY `cvName` (`cvName`(128));

を実行することでページの追加が出来るようになりました。