返信ありがとうございます。
再度追加するのはmain.cssでよろしいでしょうか？また私のような間違いを犯した場合
どのようなタグが消失したと思われますか？

そこまで初歩的なことを一から十までお訊きすべきではありませんね。
長々と御手間をおかけして申し訳ありませんでした。
そして丁寧に対応していただきましてありがとうございました。

お返事が遅れてすみません。思いついたのですが、バージョンアップされたのが原因かもしれません。

元々のテーマは

/concrete/themes/default

にあったデフォルトで入っているプレーンヨーグルトというテーマだと思います。
このフォルダを

/themes/default

に移してからカスタマイズするのがconcrete5のお作法なのですが、もしテーマを移さずに

/concrete/themes/default

に置いたまま直接変更してしまった場合、バージョンアップしたあと、

/updates/concrete5.6.3.2.ja_updator/concrete/themes/default

に入っているテーマの方に切り替わってしまいます。
もしこれが原因であれば、

/concrete/themes/default

に変更前のデータが残っていると言うことになりますので、探してみてください！