うーむ…不思議です。お手数ですが、管理画面の「環境情報」欄の内容を共有していただけますか。

早計なのですが、Concrete5をインストールし直しても、変化なしでした。
現状の「環境情報」です。

# concrete5 Version
5.6.3.2

# concrete5 Packages
None

# concrete5 Overrides
js/back-to-top.js, js/delay.js, js/jquery-1.10.1.min.js, js/scroll.js, css/nonePC.css, css/riset.css, css/style.css, languages/ja_JP, themes/olive_sample

# concrete5 Cache Settings
Block Cache - Off
Overrides Cache - Off
Full Page Caching - Off

# Server Software
Apache/2.2.25

# Server API
cgi-fcgi

# PHP Version
5.4.35

# PHP Extensions
cgi-fcgi, Core, ctype, curl, date, dom, ereg, exif, fileinfo, filter, gd, gettext, gmp, hash, iconv, json, libxml, mbstring, mcrypt, mysql, mysqli, mysqlnd, openssl, pcre, PDO, pdo_mysql, pdo_sqlite, Phar, posix, Reflection, session, SimpleXML, soap, SPL, sqlite3, standard, tokenizer, xml, xmlreader, xmlwriter, xsl, zip, zlib.

# PHP Settings
max_execution_time - 30
log_errors_max_len - 1024
max_file_uploads - 20
max_input_nesting_level - 64
max_input_time - -1
max_input_vars - 1000
memory_limit - 128M
post_max_size - 8M
sql.safe_mode - Off
upload_max_filesize - 2M
mysql.max_links - Unlimited
mysql.max_persistent - Unlimited
mysqli.max_links - Unlimited
mysqli.max_persistent - Unlimited
pcre.backtrack_limit - 1000000
pcre.recursion_limit - 100000
session.cache_limiter - nocache
session.gc_maxlifetime - 7200
soap.wsdl_cache_limit - 5

テーマディレクトリのオーバーライドも認識されているし、ひょっとして5.7で試しているのかなと思いましたが、56なので大丈夫ですね…。

こちらからダウンロードしたzipを解凍した、concrete5/themes/olive_sample を themes に移しただけですよね？

http://github.com/concrete5japan/concrete5_japanese_book

いま改めて試してみたんですが問題ありませんでした。ちょっと、他の人にも聞いてみます。

はい、そうです。
右にある「Download ZIP」ボタンより、ダウンロードしたものを解凍して利用しています。

www/themes配下に配置しています。

ちなみに、サーバは「さくらインターネット　スタンダード」です。

よろしくお願いします。

中身はなくても、concrete/themes/olive_sample/ というフォルダだけ作っていたりしませんか？

確認をしてみましたが、以下のフォルダーだけでした。

関係はないとは思いますが、テーマのダウンロードでインストールしたテーマはエラーにはなりません。

core
dark_chocolate
dashboard
default
greek_yogurt
greensalad

あとは、ファイルがすべてアップロードされていない、パーミッションの問題でconcrete5から読み込みできない、などがあります。