返信ありがとうございます。

全てのキャッシュを無効にしたのですが、状況は変わらずでした。

念のため、ブラウザのキャッシュを削除するため以下の手順を踏んでみましたが、ダメでした。

１．テーマのアンインストール（サーバフォルダは消さず）
２．Concrete5の管理画面から、全てのキャッシュを無効にし、保存
３．キャッシュをクリア
４．Concrete5をログアウト
５．Chromeのキャッシュをすべてクリア
７．Chromeの再起動
８．Concrete5にログイン
９．テーマのインストール
１０．テーマの有効化　　->　Warningは変わらず

うーむ…不思議です。お手数ですが、管理画面の「環境情報」欄の内容を共有していただけますか。

早計なのですが、Concrete5をインストールし直しても、変化なしでした。
現状の「環境情報」です。

# concrete5 Version
5.6.3.2

# concrete5 Packages
None

# concrete5 Overrides
js/back-to-top.js, js/delay.js, js/jquery-1.10.1.min.js, js/scroll.js, css/nonePC.css, css/riset.css, css/style.css, languages/ja_JP, themes/olive_sample

# concrete5 Cache Settings
Block Cache - Off
Overrides Cache - Off
Full Page Caching - Off

# Server Software
Apache/2.2.25

# Server API
cgi-fcgi

# PHP Version
5.4.35

# PHP Extensions
cgi-fcgi, Core, ctype, curl, date, dom, ereg, exif, fileinfo, filter, gd, gettext, gmp, hash, iconv, json, libxml, mbstring, mcrypt, mysql, mysqli, mysqlnd, openssl, pcre, PDO, pdo_mysql, pdo_sqlite, Phar, posix, Reflection, session, SimpleXML, soap, SPL, sqlite3, standard, tokenizer, xml, xmlreader, xmlwriter, xsl, zip, zlib.

# PHP Settings
max_execution_time - 30
log_errors_max_len - 1024
max_file_uploads - 20
max_input_nesting_level - 64
max_input_time - -1
max_input_vars - 1000
memory_limit - 128M
post_max_size - 8M
sql.safe_mode - Off
upload_max_filesize - 2M
mysql.max_links - Unlimited
mysql.max_persistent - Unlimited
mysqli.max_links - Unlimited
mysqli.max_persistent - Unlimited
pcre.backtrack_limit - 1000000
pcre.recursion_limit - 100000
session.cache_limiter - nocache
session.gc_maxlifetime - 7200
soap.wsdl_cache_limit - 5

テーマディレクトリのオーバーライドも認識されているし、ひょっとして5.7で試しているのかなと思いましたが、56なので大丈夫ですね…。

こちらからダウンロードしたzipを解凍した、concrete5/themes/olive_sample を themes に移しただけですよね？

http://github.com/concrete5japan/concrete5_japanese_book

いま改めて試してみたんですが問題ありませんでした。ちょっと、他の人にも聞いてみます。

はい、そうです。
右にある「Download ZIP」ボタンより、ダウンロードしたものを解凍して利用しています。

www/themes配下に配置しています。

ちなみに、サーバは「さくらインターネット　スタンダード」です。

よろしくお願いします。

中身はなくても、concrete/themes/olive_sample/ というフォルダだけ作っていたりしませんか？

確認をしてみましたが、以下のフォルダーだけでした。

関係はないとは思いますが、テーマのダウンロードでインストールしたテーマはエラーにはなりません。

core
dark_chocolate
dashboard
default
greek_yogurt
greensalad

あとは、ファイルがすべてアップロードされていない、パーミッションの問題でconcrete5から読み込みできない、などがあります。