色々試してみました。

■「ファイルマネージャー権限」内の「ファイルマネージャーからファイルを検索」権限で「ファイルアップローダー」エンティティを使ってアクセスを許可している場合

この場合、基本的に個別に「ファイルマネージャーでファイルを表示」権限を与えても出てこない仕様のようです。確かに変ですけども…そう言う挙動になっています。そのため、ファイルに対してではなくファイルセットに対して権限設定することで、特定のファイルを例外的に指定したユーザーにファイルマネージャー内で見せることができるようです。ファイルセットの設定で「このセットでは権限設定の変更を許可する。」にチェックを入れると、ファイルセットごとに権限設定が可能です。

■「ファイルマネージャー権限」内の「ファイルマネージャーからファイルを検索」権限で「ファイルアップローダー」を使用していない場合

こちらの場合は、ファイルセットを介さなくても個別のファイルで権限設定を上書きすることができ、またその際に「ファイルアップローダー」を使用することができました。

色々調べていただき、本当にありがとうございます!

なるほど、こういうやり方になってしまうのですね。。。
ファイルマネージャー権限で「アップローダー」を指定しないと、権限設定するまでは、他のユーザーにも見られてしまうので、「アップローダー」を指定した上でファイルセットを使うやり方でなんとかやってみます!

Hissy さん、調べて頂いて、ありがとうございます！