もしかしたら、キャッシュかもしれません。
[管理画面]→[キャッシュのクリア] を実行してみてください。
そうすると解消されることがあります。

また、ホームページの作成中は[キャッシュとスピード設定]を無効にすることをお勧めします。

返信、ありがとうございます。

ただ、キャッシュをクリアーしてみましたが、同じ状況でした。

「新規記事を最初に」「一番古いページを最初に」「アルファベット順」「逆アルファベット順」など、その他の選択肢は全て正しく表示されます。

ページを作るときに、よくわからないまま、ふつうなら一連のページを続けて作るところ、いろいろ試しながらやったので、そういうことが影響している気もしますが、この機会にちょっと時間をとってソースコードなど見てみたいと思います。

ありがとうございます。
ソースでおかしい点などあればぜひ教えてください。
本家に送りたいと思います

調べてみますのでもう少し具体的に教えてもらえますでしょうか。

ばらばらとは？
・表示されるはずのページが抜けている
・表示されるページは合っているが、順番が違う
・子ページも表示している？それとも同じ階層のみ？

ご連絡、ありがとうございます。
(すいません、タブが効かないようなので再度投稿しました）

Pagesというテーブルを覗いてみたのですが、データベース上は以下のような構造になっていると思います。（番号はcIDでたぶんページ固有の番号だと思います）

140　activity活動履歴
　148　20130209
　149　201212021
　168　20130320
　169　20130302

142　membersonly
　154　会員の部屋１
　156　concrete5の知識
　　157　Concrete5ページ追加の方法
　　162　Concrete5記事の書き方
　　163　Concrete5画像の取り込み
　　164　Concrete5画像の流し込み
　　165　Concrete5PDF添付の方法
　　166　Concrete5動画の貼り付け方
　　167　Concrete5リンクの貼り方
　160　会員の部屋２
　161　会員の部屋３


サイドメニューでは140と142のカテゴリを2つのページリストブロックに分けています。
いずれも設定で、ページを表示する場所として「他のページ以下の階層」で140、142を選択してあります。また両方とも「すべての子ページを含む」にチェックしてあります。

この状態で140は以下のように表示されています。
148 20130209
149 201212021
168 20130320
169 20130302
（今気がついたのですが、これは正しいです）

142のほうは以下のように表示されています。
157 Concrete5ページ追加の方法
156 concrete5の知識
154 会員の部屋１
162 Concrete5記事の書き方
163 Concrete5画像の取り込み
160 会員の部屋２
164 Concrete5画像の流し込み
161 会員の部屋３
165 Concrete5PDF添付の方法
166 Concrete5動画の貼り付け方
167 Concrete5リンクの貼り方
（これも今気がついたのですが、子ページが混じっているといけないのかもしれません）

子ページを表示させない方法というのはありますか？
最終的には子ページも含めてうまく表示できれば一番いいので、私も勉強を兼ねてちょっと引き続き調べてみます。

データベース上の cDisplayOrder の値でソートしています。これは、階層ごとに0から順番になっているので、違う階層が混じると確かに変なことになります。
ページリストブロックの「サイト中の場所」の選択肢で全て以外を選択すると、子ページを表示するかどうかのチェックが出てきます。
もし完全にサイトマップと同じ並びで表示したい場合は、ページリストよりもオートナビを使うのが良いでしょう。

調べていただいて、ありがとうございました。
オートナビというのの利用法も少し勉強してみます。

concrete5は、使い出したばかりですけど、設計がしっかりしているのか、カスタマイズがすごくやりやすそうですね。また、勉強させてもらいます。

ありがとうございました。