プレインヨーグルトの場合、Header Nav エリアはelements/header.php に 書かれていますので記入するは必要ありません。詳しくないので申し訳ないのですが、ＣＳＳの問題のように思います。
ＣＳＳはmain.css に書かれているのでそちらの変更が必要ではないかとおもいます。

CSSの問題ですね。実物を見るのが一番早いです。

acliss 19xxさん、hissyさん
コメントありがとうございます。
main.css コピペします。よろしくお願いします。


/* HTML Tag Redefinition */
html, body {height: 100%; }

body {/* customize_background */ /* customize_background */ padding: 0px; margin: 0px;
background: url(images/bg5.jpg) repeat-y center;
}

img {border: 0px}
a { cursor:pointer}

fieldset { border:1px solid #ccc;}

/* error text class optionally provided by theme */
div.ccm-error-response {color: #f00; margin-bottom: 12px}

/* Page Structure / Navigation */
#page{ width:800px; margin:auto; text-align:left }
#page #headerSpacer{ height:20px }
#page #header{ position:relative; }
#page #header #logo{ color: yellowgreen;
margin-bottom: 5px; padding: 0px; margin-top:8px; cursor:pointer; left:0px ; z-index:1; width:auto; float:left; position: relative font: bold 32px/auto Arial, Helvetica, sans-serif;
font: 38px Georgia;
}
#page #header #logo a{ /* customize_header_logo */color: yellowgreen; /* customize_header_logo */ text-decoration:none;}
#page #header #logo p{ display:inline; line-height:inherit; font-size:inherit; padding:inherit; margin:inherit; color:inherit }


#page #header #headerNav{ position: absolute; top: 75px; left: 0px; z-index:2; overflow:visible;}
#page #header ul.nav-header{ list-style:none; margin:0px; padding:0px; width:auto; z-index:2; overflow:visible; float: right}
#page #header ul.nav-header li{float:left; padding:2px 0px; margin-left:16px; margin-bottom: 0px; color:#999; font-size:13px; margin-top:0px }
#page #header ul.nav-header li a,#page #header ul.nav-header li a:hover{ text-decoration:none; color:#999999 }
#page #header ul.nav-header li.nav-selected{ border:1px solid #bbb; padding:2px 8px; }
#page #header #header-area{margin-top: 50px; margin-bottom: 15px }
#page #header #header-area #header-area-inside{margin-bottom: 12px;}
#page #header #header-area img { display: block}
#page .divider{padding-top: 12px; background: url(images/nav_horizontal_divider.gif) no-repeat top; overflow:hidden; height:1px; clear:both; width:100%; }

#page #central{background:url(images/nav_sidebar_right_bg.gi) repeat-y center; clear:both; }
#page .no-sidebar { background-image: none !important}
#page #central.central-left { background:url(images/nav_sidebar_left_bg.gi) repeat-y center !important; }
#page #central.central-left div#sidebar {float: left !important; }
#page #central.central-left #body {padding-left: 0px !important; padding-right: 0px !important; float:right}

#page #central #body{ float:left; width:75%; padding-right:0px; padding-left: 0px !important; padding-right: 0px !important }
#page .no-sidebar #body{ float: none !important; width: auto !important; }
#page #central #sidebar{ float:right; width:20%; overflow:hidden }
#page #central #sidebar p{ line-height:0px}
#page #central #sidebar ul.nav{ list-style:none; margin-left:0px; padding:0px; padding-left:0px; font-size:11px;}
#page #central #sidebar ul.nav li{ margin-bottom:16px; }
#page #central #sidebar ul.nav a{ text-decoration:none; color:#333 }
#page #central #sidebar ul.nav a.nav-selected {font-weight: bold}
#page #central #sidebar ul.nav a:hover{ text-decoration:underline }
#page #central #sidebar ul.nav ul{ list-style:none; margin-left:0px; padding:0px; padding-left:16px; margin-top:16px; }
#page #central #sidebar ul.nav ul li{ margin-bottom:16px; }

#page #central.navLeft{ background:url(images/nav_sidebar_left_bg.gif) repeat-y center; }
#page #central.navLeft #sidebar{float:left}
#page #central.navLeft #body{float:right; padding-right:0px; width:75%; }

#page #central.noSideNav{ background: none; }
#page #central.noSideNav #sidebar{ display:none }
#page #central.noSideNav #body{float: none; padding-left:0px; padding-right:0px; width:100%; }

#page #footer{ padding-top:24px; clear:both; padding-bottom:16px; color:#999; font-size:10px }
#page #footer a{ text-decoration:none }
#page #footer span.sign-in {margin-left: 20px}
#page #footer span.powered-by { float:right; }

/* Page Elements */

.pagingNav{ margin:16px 0px 8px 0px}
.pagination{ text-align:center; color:#bbb; padding-top:4px}
.pagination .pageRight{width:20%; float:right; text-align:right}
.pagination .pageLeft{width:20%; float:left; text-align:left}

/* MISC STYLES & SHORTCUTS */
div.code {border: 1px solid #ddd; background: #eee; padding: 10px}
div.spacer,div.ccm-spacer{ clear:both; font-size:1px; line-height:1px }
.noTopSpace{margin-top:0px; padding-top:0px}
div.pageSection { margin-bottom: 10px; }

/* customize_miscellaneous */ /* customize_miscellaneous */

実際のサイトは見られませんか？

すいません。　サイトは　http://ecopro.jpn.com/　です。

Header Navエリアを position: absolute; で場所を移動しているようですが、無理があるので、ナビゲーションメニューを header エリアに配置する方がいいと思いますよ。

hissyさん。回答ありがとうございました。ナビゲーションメニューに変更してみます。