hissyさんの返信を参考にcssを修正したところ解決したので 一応続報記載します。
ソースを追ったのですが自分でcss修正するのが面倒だったので、
デフォルトテーマの"main.css"から"#page #header"クラスの
ulとliとaタグに関する部分だけ、自作の"main.css"にコピーしました。
（オートナビブロックのカスタムテンプレート『Header Menu』に関しては、
この部分だけで十分ぽいのでここだけコピペしました）
上記を実施したところ問題なく動作しました！
Re: Re: Re: 自作テーマ適用時のカスタムテンプレートについて
2011年4月29日 at 10:19
これはあくまで私の作り方なのでご参考までに…という感じなのですが、大体の場合まず静的なHTMLでサイトを作ってしまい、そのあと必要なPHPのソースを加えてテーマにすることが多いです。
そうするともちろんHTMLでつくっていた段階とあわないことが出てきますので、CSSの方を修正するか、カスタムテンプレートを作ってブロックのソースを自分が作ったCSSに合わせるか。
確かにめんどくさそうな手順ですが、他の某ブログ系CMSだとウィジェットやカスタムメニューの吐き出すソースは基本的に変更できないので、選択肢のあるconcrete5は便利だな…と思っています 
younger
Re: Re: Re: Re: 自作テーマ適用時のカスタムテンプレートについて
>そうするともちろんHTMLでつくっていた段階とあわないことが出てきますので、
>CSSの方を修正するか、カスタムテンプレートを作ってブロックのソースを
>自分が作ったCSSに合わせるか。
やはり自分の作ったテーマに合わせてカスタムテンプレートを作ったりしないと無理なんですね・・・。理解しました。
（cssの編集やカスタムテンプレートをわざわざ作りたくなかったので、理解したくはなかったんですがｗ）
それでは早速カスタムテンプレートの作成に取り掛かりたいと思います。
ご丁寧にありがとうございました！
マジで助かったッス。