返信ありがとうございます！

ということは、やはりブロックで挿入されるソースを調べた上で、
そこで指定されているcssのクラスやらIDを、自作テーマが参照するcss内で指定した方が良いって事ですか・・・。というか指定しないとちゃんと動かない？

テーマを自作するには、
・使用するブロックのソースを調べる
・そこで使用されているcssのクラスやらIDを、自作テーマが参照するcssに指定する
ということでしょうか？
ここまで来るとテーマの自作の敷居はかなり高いですね。。。


そもそも私の認識は下記の通りなのですが、間違っていないでしょうか？
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"/concrete/blocks/"内の「autonav」ブロックの「header menu」カスタムテンプレートのソースでは、例えば
　"echo('<div class="ccm-spacer"> </div>');"
というソースがあります。
自作テーマが読み込むcssには"ccm-spacer"というクラスの指定をしていないので
ブロックがうまく設置されない。
（ちなみに自作のテーマの構成は
http://concrete5-japan.org/help/design/step_by_step/
で紹介されているものと殆ど同じです）
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これはあくまで私の作り方なのでご参考までに…という感じなのですが、大体の場合まず静的なHTMLでサイトを作ってしまい、そのあと必要なPHPのソースを加えてテーマにすることが多いです。

そうするともちろんHTMLでつくっていた段階とあわないことが出てきますので、CSSの方を修正するか、カスタムテンプレートを作ってブロックのソースを自分が作ったCSSに合わせるか。

確かにめんどくさそうな手順ですが、他の某ブログ系CMSだとウィジェットやカスタムメニューの吐き出すソースは基本的に変更できないので、選択肢のあるconcrete5は便利だな…と思っています

早速の返信ありがとうございます。

>そうするともちろんHTMLでつくっていた段階とあわないことが出てきますので、
>CSSの方を修正するか、カスタムテンプレートを作ってブロックのソースを
>自分が作ったCSSに合わせるか。

やはり自分の作ったテーマに合わせてカスタムテンプレートを作ったりしないと無理なんですね・・・。理解しました。
（cssの編集やカスタムテンプレートをわざわざ作りたくなかったので、理解したくはなかったんですがｗ）

それでは早速カスタムテンプレートの作成に取り掛かりたいと思います。
ご丁寧にありがとうございました！
マジで助かったッス。

hissyさんの返信を参考にcssを修正したところ解決したので 一応続報記載します。


ソースを追ったのですが自分でcss修正するのが面倒だったので、
デフォルトテーマの"main.css"から"#page #header"クラスの
ulとliとaタグに関する部分だけ、自作の"main.css"にコピーしました。
（オートナビブロックのカスタムテンプレート『Header Menu』に関しては、
この部分だけで十分ぽいのでここだけコピペしました）

上記を実施したところ問題なく動作しました！

どのようなデザインになったんですか？

　参考にさせてください！

実はブロックを配置する場所やらパディング、ライン等の大まかな
レイアウトを作成しただけで、デザインはまだ殆ど手をつけてませんｗ

hissyさんの仰るとおりhtmlで実際にページ作ってから、
php,cssを編集してテーマ作った方が良いなぁ、と今になってちょっと後悔していますｗ

ちなみに「オートナビ」ブロックはcss修正後は添付画像のように
カスタムテンプレートがちゃんと適用されています。