サムネイルの設定画面から、何パターンのサムネイルを生成するようになっているか確認してみてください。

サムネイルサイズが仮に5つあったとします。
1つの画像に対して5つの画像と、Retina解像度用にさらに5つ作られます。
2300点画像があれば23000点のサムネイルが作られる計算になります。

ありがとうございます。

システムと設定→ファイル→サムネイルには
　・file_manager_listing
　・file_manager_detail
　・small
　・medium
　・large
の５つがあります。
そのうち、上２つは必須「はい」になっていて、下３つは必須「いいえ」になっています。

5つサムネイルサイズがありますので、2300点画像があれば23000点のサムネイルが作られますね。
とはいえ、それでも10万には程遠い…。残りはなんなのかな

comcrete5 のバージョンアップをされていれば、それも可能性ありです