ryo_relicさま

確認なのですが、インストール時に日本語を選択されましたでしょうか？
もし、日本語を選択していると、上記の組み合わせでは『この言語／地域の組み合わせはすでに存在します。』とアラートが出て、ロケールの追加が出来ないと思います。

ちなみに『言語をコピー』の『地域ツリーを複製』を実行しなければ、追加したロケールには『ホーム』しか存在しません。

サイトマップには添付画像のように追加したロケールが表示するはずなのですが...

インストール時には英語を選択しました。
それで、それも治したいなと思って日本を追加しました。

現状、バックアップからリストアして、英語のみの状態に戻しました。
これを日本語のみに修正することは可能でしょうか？

ryo_relicさま

英語を選択されたということは、上記の添付画像と逆の状態ですね。
その場合は、追加したロケールを削除するだけでよかったはずです。

表示言語は、システムと設定 > 基本 > 言語 や個々のユーザー別に変更できますが、すみません、基本のロケール（今回の場合は英語）を変更する方法はわからないです。

application / config / generated_overrides / concrete.php に

'multilingual' => [
'default_source_locale' => 'ja_JP',
],

と追記すれば変わるかなと思ったのですが、ダメみたいですね。

お役に立てず申し訳ないです。

管理画面のライトメニューより「Dashboard＞System & Settings＞Basics＞Languages」を開き、
「Default Language」を「Japanese」にすることでサイト全体の既定の言語を日本語に変更することができますが、
こちらの設定ではいかがでしょうか。