返信ありがとうございます。
データベースを新規に作成や、MySQLを削除からの再インストールはやっております。
権限の問題ではなく根本の問題ということですね、、、

まず問題の切り分けのために、違う手段で試してみると良いと思います。

mysqlコマンドでデータベースにアクセスはできますよね？

mysqlコマンドで正常に入れて、create tableもできるのであれば、次にPHPで単純なデータベースに接続するだけのスクリプトを作り試してみてはいかがでしょうか。
http://php.net/manual/en/function.mysql-connect.php

https://concrete5-japan.org/index.php/profile/1708/

こちらのフォーラムの質問とまったく同じような症状が出ています。
（59個のテーブルの名前もすべて同じ、エラーも同じ）
恐らく再インストールで治るらしいですが、できれば再インストールのちゃんとしたコマンドをすべて教えていただけないでしょうか。

「php-pdo と php-mysql をインストールしなおすことで自己解決いたしました。」

こちらです。