スタック設定画面で余白が設定どおりに表示されていて、実際のページで表示されないということは、おそらくテーマ側のCSSで、スタック内のブロックに設定された余白CSSが打ち消されているのではないでしょうか？

開発者ツールを使って、打ち消されているのかどうかを確認されてみてはいかがでしょうか？

最近同じ症状に遭遇しました。

デザイン&カスタムテンプレートで余白を設定すると『ccm-custom-style-container』というクラスの『div』タグで覆ってスタイルを書き出してくれるのですが、スタックで設定した余白等の『ccm-custom-style-container』は書き出されていないので、バグっぽいです。

回答になっていませんが、もし解決策があるのであれば私も知りたいです m(_ _)m

スタックで各ブロックを【デザイン＆カスタムテンプレート】で各設定しても反映されないようですので、CSSで設定したいクラスを作り、【デザイン＆カスタムテンプレート】のカスタムクラスの設定で意図とした余白などの編集ができました。
ありがとうございました。

ちなみに、開発者ツールの使い方などがわかりやすく説明してあるサイトがありましたら、是非紹介してください。

よろしくお願いします。

開発者ツールですが、網羅的にわかりやすいのはこちらのページかと
http://www.buildinsider.net/web/chromedevtools/01

CSSの検証は、上記ページの「Elements」の段落、Stylesの段落を参考にしていただければ。
開発者ツールはCSSの検証以外にもいろいろできますので、余裕のある時に、他の段落も目を通されたら良いと思います。

ありがとうございます。
今後、参考にさせていただきます。