httpd.confを見たところ

LoadModule rewrite_module modules/mod_rewrite.so

の記述がありました。有効になっていると思いますが、どうでしょうか。

とりあえず

/concrete5/updates/concrete5.4.1.1.1.ja/

に置いた.htaccessは削除した方が良いと思います。

あとは/concrete5に置いた.htaccessのrewrite_baseがどうなっているのかを確認して、それも合ってたらサーバのapacheのログを見てみるしかないですね。
実際にどのファイルにアクセスしようとしていたかわかると思います。

あと、404はwebサーバの404ページですか？それともconcrete5の404ページでしょうか？

もしconcrete5の404ページであれば、concrete5のデータ構造がおかしくなっている可能性があります。

ご返信ありがとうございます。
とりあえず、updates以下の.htaccessは削除しました。
/concrete5以下の.htaccessですが、以下のとおり、自動的に生成されるものそのままです。

# -- concrete5 urls start --
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
</IfModule>
# -- concrete5 urls end --

404エラーはApacheが吐いています。
以下は、当該404エラーのものと思われるApacheのアクセスログです。（IPアドレスとドメイン名は伏せています）

***.***.***.*** - - [12/Jan/2011:00:12:20 +0900] "GET /profile1/ HTTP/1.1" 404 281 "http://dummy.com/" "Mozilla/5.0 (Windows; U; Windows NT 5.1; en-US) AppleWebKit/534.13 (KHTML, like Gecko) Chrome/9.0.597.47 Safari/534.13"

「profile1」というのがエイリアスですが、これは正常なリクエストでしょうか？

さくらインターネット
http://concrete5-japan.org/help/install/hosting/sakura/

の index.php と .htaccess の改造を加えてみるとどうでしょう？