アップグレードスクリプト、というのは、アップグレードのページにアクセスすることです。
もしくは自動アップグレードですが。

具体的には

http://【concrete5のURL】/index.php/tools/required/upgrade.php

にアクセスすることです。

一度バックアップをとった以前のDBを復帰させ、その上で上記ファイルのURLへアクセスすればアップグレードスクリプトを走らせる、ということになります。

Xserverのphp.iniの記述を変更されたのであれば、
再アップグレードで、アップグレード時のメモリ不足の問題かどうか切り分けられるかと思います。