なんだっだのでしょう。
うまくいきました。
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Concrete5アップグレード

5.4.1.1.ja.b1へのアップグレードが完了しました。セキュリティー対策のため、このファイルを削除して下さい。
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お騒がせいたしました。

おそらく、FTPで、ファイルが全てアップロードされなかったのかなと思います。