サーバー側のPHP高速化機能（PHPキャッシュ）は
任意に無効化することがかなわず...
とXserver様から連絡がありましたが現在、サーバーパネルのエラーログを確認してもらっています。
XアクセラレータはOFFにできそうなので確認してみます。