私もこのスレッドを見せていただいてたのですが、
質問に関しては問題がなく、このような質問もどんどんしていただきたいのですが、
解決策がなかなか見つからず返答していませんでした。
正常に稼働していた時の画面のイメージがあれば、お伝えしやすいのですが。。。。。

バナーを貼られている部分の左側の部分について、画像ブロックを使われていますが、
元の画像がそのままのサイズで表示されている状態だと思います。
出来れば、記事ブロックに画像を張り付けてサイズ調整するほうがやりやすいのではないかと思います。
本来はHissyNCさんが言われている通りCSSファイルに書くのが一番いいと思いますが、とりあえず、見た目は改善されると思います。

また、上部のメニューに関しては、基がどのように表示されていたかが分からないとなかなかいい回答が出来ないです。concrete5ではいろいろ方法がありますので。。。

ズバリの回答ができなく申し訳ないです