返信ありがとうございます。

目的としては、企業サイト内に事業ごとのサイトを作っていきたいというイメージです。
例えば、不動産業、レジャー業、レンタカー事業を行っている企業があったとして、それぞれ

estate.example.com
leisure.example.com
car.example.com

のようなイメージです。

example.com/estate
example.com/leisure
example.com/car

でもいいのですが、サブドメインにしたいのはクライアント側の要望として出ています。

複数のc5をインストールすると、ファイルマネージャ内のファイル管理やページ間での連携がやりにくかったり、必要データベース数が増えていくのも考えものでして…

なるほどですね。

estate.example.com　＜＝こっちで告知
でも
example.com/estate
の両方で見えてしまうのはまずいですか？

estate.example.com/estate
と、estateが両方についてしまうのはまずいですか？

そうですね、それは避けたいです。