自動的に生成されることはないはずなので、意図的に設置されたものでなければ
一度、concrete5.6.1.2.ja/helpers/file.php ファイルを リネーム（file.bak 等）等にして稼動してみてはどうでしょうか？

保証ができませんので、申し訳ないのですが自己責任でお願いします。

ただ、このファイルが以前からあったのであれば、今まで稼動していたことのほうが不思議です。。。。。

ありがとうございます。

そうですか・・・。インストールの際に（http://concrete5-japan.org/help/install/hosting/sakura/）に記載のもの以外については、直接ファイルを操作したことはなかったのですが、、、

ご教示頂いた方法を試してみたいと思います。

また作業後にご報告いたしたいと存じます。