自己解決しました
2017年6月22日 at 14:41
もともとConcrete5に入っていたElementalテーマをコピーし、application/themes内にフォルダをペーストしカスタマイズしたほうがよいようなので、その方法でやることにしました。
管理画面にも追加CSSの項目はありますが、head内にインラインで書かれてしまうみたいで、
elemental/cssにカスタム用のCSSファイルを作り、それでカスタマイズすることにしました。
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