自己解決しました

2017年6月22日 at 14:41

もともとConcrete5に入っていたElementalテーマをコピーし、application/themes内にフォルダをペーストしカスタマイズしたほうがよいようなので、その方法でやることにしました。
管理画面にも追加CSSの項目はありますが、head内にインラインで書かれてしまうみたいで、
elemental/cssにカスタム用のCSSファイルを作り、それでカスタマイズすることにしました。