『テーマのカスタマイズ』の『カスタムCSS』に記述されたのでしたら、反映すると思います。
キャッシュをクリアされましたでしょうか？
もし、クリアしていなければ一度キャッシュをクリアしてみてください。

ご連絡ありがとうございます。
キャッシュをクリアしても反応しません。
テーマによって利用できるCSSが変わってくるのでしょうか？

CSS に記述した id 名、もしくは class 名はテーマで使われている名前でしょうか？
もし、テーマの CSS で使われている名前と同じでしたら、テーマのスタイルが優先されているのではないでしょうか。
id 名、 class 名をオリジナルの名前にできるのであれば変更してみてください。

また、concrete5 というより CSS の説明になりますが、

.hogehoge {
color: #ff0000 !important;
}

のように『!important』を記述してみてください。
あまりお薦めできる方法ではないと思いますが、優先順位でどうしようもない時は試してみてください。