やってはいけないことではありませんが、このスレッドはあくまで「フッターを底辺に固定する」ことが目的なので、
それ以外の目的で編集やコンテンツ追加をされると、原因の究明が難しくなります。

リロードだけで、開発者ツールのResourcesがそのように変化するのはおかしいので先述のように質問しましたが、
やはりリロードではなく、他のコンテンツの追加等もされていた、ということなんですね。

色々header.phpやfooter.phpを触られたということなのですが、その後もしっかりfooterFixed.jsを読み込む記述は残されていますか？
もう一度ソースコード内を検索して、読み込みコードがあるかどうかチェックしてください。

次に、新しく添付していただいた画像ですが、どちらもウインドウの高さよりもページコンテンツの高さが高くなっているので、
footerFixed.jsが正しく読み込まれていたとしても、これは正しい描画結果です。
footerFixed.jsが機能するのは、ページコンテンツの高さが、ウインドウの高さよりも低い時のみとなります。

この辺りでひとつおかしな事に気づいたのですが、トップ画面から他に作ったページ(添付画像でいうとcontactとかmapのページです)へ移動するとコンテンツの横幅が10pxほど右に移動します。
逆にいうとtopのページだけ左に10pxほど寄っているというか。。

あくまでこのスレッドは、フッターを下辺に固定することが目的ですので、他に気になることがあれば、別にスレッドを立ててください。
フォーラムは問題解決の場だけでなく、後からconcrete5を学ぶ人のための情報でもあります。
後から学ぶ人のためにも、問題は細かく切り分け、なるべく１トピック１スレッドでお願いします。

補足です。
footerFixed.jsがgreek_yogurtに正しく実装された場合の挙動をお示ししておきます。

kohki様

いつもお世話になります。

フッターの下部固定の件ですが、先日
色々header.phpやfooter.phpを触られたということなのですが、その後もしっかりfooterFixed.jsを読み込む記述は残されていますか？
もう一度ソースコード内を検索して、読み込みコードがあるかどうかチェックしてください。

↑↑のように仰られていたのでその後も徹底的にheader.phpやfooter.phpのコード内及び、その他にも関係があるかも知れないファイルのソース内を元のソースと見比べながら細かくチェックしたのですが、結局わかりませんでした。
ですので、一度コンクリート5を削除し再インストールしまずフッターの固定から始めることにしました。
コンテンツの幅が他のページにいくと右10pxほど移動する件も気になっていましたので。
先日書いたコンテンツの幅がずれる件はフッターの固定と何か関わりがあるのかもしれないと思い書かせて頂きました。

それで今回新たにインストールしフッターの下部固定から始めました。まず新規インストールされた状態から
【concrete5がインストールされているディレクトリ】/themes/内にgreek_yogurtのフォルダを作る
【concrete5がインストールされているディレクトリ】/themes/greek_yogurt/内にelementsフォルダを作る
【concrete5がインストールされているディレクトリ】/concrete/themes/greek_yogurt/elements/内のheader.phpをFFFTPにて一旦ローカルに置きTerePadにてhead内17行目にお教えいただいた
<script type="text/javascript" src="<?php echo $this->getThemePath(); ?>/footerFixed.js"></script>
を書き込みUTF-8Nで保存。そのheader.phpをFFFTPで
/【concrete5がインストールされているディレクトリ】/themes/greek_yogurt/elements/内にアップロード。
お教えいただいたhttp://blog.webcreativepark.net/2007/11/16-012253.htmlページ内のfooterFixed.jsをダウンロードし/【concrete5がインストールされているディレクトリ】/themes/greek_yogurt/内にfooterFixed.jsをFFFTPを使ってアップロードしました。
あと、ホームページのアドミンバーの管理画のシステムと設定からキャッシュとスピード設定をクリックしブロックキャッシュとオーバーライドをキャッシュをオフにしました。
その後フッターが下部に固定されているか確認したのですが、ホーム以外の概要、検索、ブログ画面上すべて固定されていませんでした。
なぜでしょうか？
今回の件には関係無いかもしれませんが、先日書き込みした他のページにいくとコンテンツの横幅が10pxほど右にズレる挙動もインストール時からのものでした。

一応今回の関係画像を添付致しますのでチェックお願い致します。

CROMEの開発者ツールの表示ですが、CROMEを立ち上げ最初にホームページのURLを入れてページを表示させた後に開発者ツールを表示させてresources→ホームページアドレス→scriptのタブを見るとfooterFixed.jsの表示がありますが、今回も同じくリロード後は無くなっています。それとこの状態から概要、検索、ブログのページに行ってもどのページにも最初からresources→ホームページアドレス→scriptのタブを見てもfooterFixed.jsの表示はありません。もちろんリロード後もありません。
ですがCROMEを立ち上げて最初に概要や検索やブログのページアドレスを入れた後に開発者ツールを表示させてresources→ホームページアドレス→scriptのタブを見るとfooterFixed.jsの表示があります。これもリロード後にはまたfooterFixed.jsの表示がなくなります。

何か関係があるのでしょうか？

お返事よろしくお願い致します。

kohki様

失礼します。
先ほど添付した画像1ですが一番上の画像と二番目の画像の説明文が逆でした。
失礼しました。

原因究明がわかりやすいよう、丁寧に書いて頂きありがとうございました。

それで、こちらも同じ作業をしてみたところ、新しい事実がわかりました。

以前説明したとおり、$this->getThemePath(); は、テーマへのパスを自動的に書きだす、と説明しましたが、
これは、オーバーライド時であっても、元のテーマパスを読みだしてしまうようです。

ブラウザでソースコードを読んでいただければ、footerFixed.js読み出しのパスに/concrete/と入っているのが分かると思います。

で、どうもこれはconcrete5の仕様のようなので、以下のように力技で書いてみると、footerFixed.jsを実装することができました。

<?php $path = $this->getThemePath();
$path = str_replace("/concrete", "", $path);?>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $path; ?>/footerFixed.js"></script>

一度、これで試していただけますでしょうか？

kohki様

お返事ありがとうございます。

header.phpのhead内の17,18,19行目に
<?php $path = $this->getThemePath();
$path = str_replace("/concrete", "", $path);?>
<script type="text/javascript" src="<?php echo $path; ?>/footerFixed.js"></script>
を記載し
【concrete5がインストールされているディレクトリ】/themes/greek_yogurt/elements/内にheader.phpをアップロードし確認したところフッターが下部に固定されていました。

今回、説明不足にも関わらず長々と私の質問にお付き合いいただき大変感謝いたします。

少しでもこのスレッドがコンクリート5を使用する方の足しになれば幸いです。
また何かありましたらご迷惑をおかけしますがよろしくお願い致します。
本当にありがとうございました。