結論から申し上げると、Elementalで定義されているエリアの名前と、Fruitfulで定義されているエリアの名前が異なっているため、一部表示されないブロックがあるようですね。
そもそもconcrete5のテーマはテーマ内のサンプルコンテンツすべてが適用されるのでなくて、
サンプルコンテンツは、テーマとは紐付いていません。従って、ご指摘のような体裁崩れや、表示されないブロックが出てきます。
但し、5.7のサンプルコンテンツはElementalで完璧に表示されるよう制作されているようです。
Elementalのテーマ構造（特にエリア名）と同一のテーマを作成してやれば、サンプルコンテンツも再現度が高くなるでしょう。
Fruitfulも、オーバライドでカスタマイズすれば、サンプルコンテンツの再現も不可能ではありません。
しかし、エリア名の書き換えや、HTMLマークアップ、CSSの調整などの作業が必要になります。
既存のコンテンツをテーマに沿ったレイアウト？に組み立てていく感じかなとも思っています。
ご指摘の通りです。
concrete5でのサイト制作には大きく2通りのアプローチがあります。
テーマありきでコンテンツを作る方法と、静的なHTMLファイルセットありきでコンテンツを作る方法です。
前者は、ElementalやダウンロードされたFruitfulのようなテーマを導入し、編集モードを使ってサイトを制作してきます。
後者は、ほぼマークアップの完成されたHTMLファイル（やその他のCSS/JavaScript/画像ファイル）一式を
concrete5のテーマとして作成し、ブロックに相当する部分は、HTMLファイルの中のコンテンツを記事ブロックなどで置き換えて行きます。
全ページと「エレメント」を削除して「FRUITFUL」だけを入れればデモサイトのようなのになりますか？
従って、そういうことはできません。
しかたこうき
Re: アレコレいろいろ。
1. サイトを削除する前提で再インストールするか、別個にconcrete5をインストールしないと「空白のサイト」から作り直すことはできません
2. FRUITFULは試していないので、後で時間があれば試してみます。
3. そういう機能はありません。各ページのバージョンをすべて最初の状態に戻せば同じようなことができるかもしれませんが、ページバージョンに保存されない情報（設定値など）もあるので、原則としてはご質問のようなことは出来ないと思ってください。