残ってます。

もしかして、サンプルコンテンツ無しの、空白 (elemental_blank) でインストールされましたか？
それだと、必要最低限のページ属性などしか作成されないので、exclude_subpages_from_nav は作成されないですね。

コードを見て確認しました。

ありがとうございます。

ブランク（サンプルコンテンツなし）だと、属性も無しになるわけですね。

あとは thumbnailも、サンプルコンテンツ無しだと生成されないですね。